Basicamente hay dos motivos
1) motivos politicos, usado para "dar mensajes" entre paises, p/ej Estados Unidos no otorga visa a un presidente de la NacionX para acudir a la asamblea de la ONU, son desiciones en general arbitrarias. o se niega visa por sospecha de terrorismo o actividades que no concuerdan con los intereses del pais receptor
2) el mas difundido y es que no se pueda demostrar que las intenciones de uno son solo de visitar y volver a tu pais de origen, esto sucede cuando no puedes "demostrar vinculo", por ejemplo, no tener propiedades, ingresos fijos, no tener tarjetas de credito, ni hablar de pasajes de vuelta, generalmente el funcionario que otorga o deniega la visa tiene en cuenta esas cosas, el pais de origen ( p/ej no es lo mismo que la pida un argentino que un aleman) la edad, (los jovenes son grupos de riesgo), el estado civil, etc, muchas veces se producen arbitrariedades, pero no es nada comparardo a que la negacion de ingreso se produzca en el destino porque al oficial de inmigraciones "le parecio que ... o no le gustaste" alli se pierde el pasaje y es mucho peor.